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Abaurrea es un topónimo de significado dudoso. Según Mikel Belasko podría significar «delante del árbol» o «delante de la columna», de la expresión vasca (h)abe aurre(a): habe, arcaica en el euskera actual, significaba «árbol» o «columna», y aurre, «delante» o «parte anterior», con el artículo -a. La mención más antigua es de 1237, con formas como Auerea, Aurrea, Aveurrea y Euierrea, y luego Avehurrea (1268), Avaurrea (1281), Aueurrea (1350), Abeure (1362), Abeurrea (1366) y Abaurrea (1532). La Abaurrea que se menciona hasta el siglo XVIII corresponde a la actual Abaurrea Baja, y Abaurrea Alta era originalmente un barrio de bordas de aquella; en 1719 aparecen por primera vez los dos pueblos, como Abaurrea la Alta y Abaurrea la Baxa. El nombre vasco, Abaurregaina, viene de Abaurre(a) más -gain(a), «de arriba», y es cooficial desde la década de 1980.
En las fuentes consultadas no hay datos sobre la fundación de Abaurrea Alta. Hasta el siglo XVIII fue un barrio de bordas de la actual Abaurrea Baja.