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El nombre de Melilla tiene una etimología incierta. Una posibilidad es que proceda del latín Mellitus o del griego Melita, «miel», por las monedas acuñadas en el siglo I a. C., en época fenicia, con abejas entre espigas, junto a la inscripción púnica Russadir, y que esa denominación perdurara en la época del desarrollo comercial marítimo de la provincia romana de Mauritania Tingitana.
El vocablo que usan los rifeños de la zona es Mritch, que viene de la raíz del bereber tamazight Tamlilt, que significa literalmente «la blanca», en referencia a la piedra caliza de color blanco sobre la que se asienta Melilla.
El primer nombre conocido de la ciudad fue Russadir o Rusaddir, como colonia fenicia de Tiro en el siglo VII a. C. Esta denominación perduró durante las épocas cartaginesa y romana hasta el siglo VII d. C. Con la decadencia púnica, Rusadir pasó a formar parte del reino de Mauretania, que se incorporó a la provincia romana de Mauritania Tingitana.
En el siglo IX, el geógrafo Yaqubi menciona la población como Malila, y en el siglo XIII los almohades fortifican la población de Maliliyya.