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El origen del topónimo responde a la combinación de sus características geofísicas y de su temprana cristianización. La denominación actual deriva del latín rupes Sancti Petri, «roca de San Pedro». El término peña, del latín pinna, «almenaje» o «roca escarpada», hace referencia directa a la mole rocosa sobre la que se asienta el castillo, elemento definitorio del paisaje local. La advocación a san Pedro sugiere una fundación o consagración religiosa muy temprana, posiblemente de época visigoda. Durante la ocupación musulmana el lugar aparece en las crónicas árabes con las formas arabizadas San Bitru o Sanfiro, adaptaciones fonéticas del nombre cristiano previo, lo que demuestra que el nombre San Pedro ya estaba asentado antes de la llegada del islam. Tradicionalmente se ha identificado la plaza en época romana con el nombre de Castrum Altum, aunque la historiografía moderna es cauta por la falta de epigrafía concluyente. Tras la conquista cristiana del siglo XIII los textos latinos recogen Rupe Sancti Petri, que con la castellanización de los documentos evolucionó a Peñas de San Pedro.
Prácticamente hasta inicios del siglo XIX la historia de Peñas de San Pedro estuvo ligada a su castillo-fortaleza, en cuya cumbre estuvo la localidad hasta que los tiempos más tranquilos permitieron que bajara a su actual emplazamiento. El castillo es una impresionante meseta de roca que se eleva verticalmente casi cien metros desde su base y casi doscientos sobre la llanura, solo accesible por un camino amurallado situado en el lado sur.