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Abaurrea es un topónimo de significado dudoso. Según Mikel Belasko podría significar «delante del árbol» o «delante de la columna», de la expresión vasca (h)abe aurre(a): habe, arcaica en el euskera actual, se usó en el vizcaíno antiguo y aparece en el fuero de Vizcaya, y Belasko piensa que pudo usarse en Navarra y dar origen a Abaurrea o Abáigar; aurre significa «delante» o «parte anterior», y la a final es artículo. La mención más antigua es de 1237, con formas como Auerea, Aurrea, Aveurrea y Euierrea, y luego Avehurrea (1268), Avaurrea (1281), Aueurrea (1350), Abeure (1362), Abeurrea (1366) y Abaurrea (1532). La Abaurrea que se menciona hasta el siglo XVIII es la actual Abaurrea Baja, y Abaurrea Alta era originalmente un barrio de bordas de ella; en 1719 se distinguen por primera vez Abaurrea la Alta y Abaurrea la Baxa. El nombre vasco, Abaurrepea, viene de Abaurre(a) más -pe(a), «de abajo», y es cooficial desde la década de 1980.
En las fuentes consultadas no hay datos sobre la fundación de Abaurrea Baja. Hasta el siglo XVIII el nombre Abaurrea designaba solo a este pueblo.