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El nombre aparece en documentos del siglo XII alternando con Oblitas, que fue cediendo hasta imponerse Ablitas desde el siglo XIII. Se explica como derivado del nombre de persona latino Obilius con un sufijo de propiedad, con la evolución Obilita, Oblita, Oblitas y Ablitas, y la s final añadida por influencia del mozárabe; significaría «propiedad de Obilius». Se han propuesto otros orígenes, como la mezcla del latín alba, «blanca», y el griego lithos, «piedra», o una raíz vasca que daría algo así como «hoyos de agua y piedras altas», que encajaría con su situación en la ladera del Montecillo, rodeado de lagunas superficiales.
Está documentado como núcleo habitado inmediatamente después de la reconquista de Tudela en 1119, a cuyo fuero y jurisdicción lo adscribió Alfonso I el Batallador. El mismo rey puso la mezquita bajo la dependencia de Santa María de Tudela en 1121, pero en el lugar subsistió una nutrida comunidad musulmana, y debió de permanecer también una minoría judía. Tras una penetración aragonesa en 1137 y la contraofensiva de García Ramírez el Restaurador, la villa y el castillo estuvieron encomendados durante veinte años a Gonzalo de Azagra, tenente también de Tudela.