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El nombre de Águilas alude a las águilas, y procede del latín aquila. En época romana se conoció probablemente como Aquilae, y en época medieval como Aquila.
La primera referencia geográfica al nombre, en la forma Acla-Aqila, la ofrece al-Bakri en el siglo XI, para referirse al puerto de Lorca. En el siglo XII, Al-Idrisi menciona un castillo defensivo en Akila-Aqila, como puerto de Lorca.
En el siglo XIII, el primer topónimo castellano del que se tiene constancia aparece en un privilegio de Alfonso X de 1266, en el que, al delimitar los territorios de la diócesis de Cartagena, menciona en su límite sur a Penna Aguila, que en 1717 el cardenal Belluga identificó como el Puerto de las Águilas.
El primer asentamiento humano en el emplazamiento actual se creó entre los siglos II y I a. C., bajo el control de la República de Roma, como zona costera estratégica para la salida del mineral de las sierras circundantes.