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El municipio toma su nombre de su cabecera municipal, que es una voz de procedencia aborigen. En la documentación histórica aparece también con las variantes Agüimez y Aguymes.
Sobre su posible significado hay dos propuestas. El profesor Juan Álvarez Delgado lo relaciona con las voces aborígenes Güime, de Lanzarote, y Güímar, de Tenerife, que traduce desde el verbo tuareg egmed, «saltar», «lanzar», «sobresalir» o «ser engrandecido». El filólogo Ignacio Reyes propone la traducción de Agüimes como «embeleso», «encanto» o «hechizo», y por extensión «santidad» o «lugar de especial virtud», desde una forma primitiva agūmăs.
El territorio de Agüimes alberga diversos asentamientos prehispánicos de gran importancia: el propio casco histórico de Agüimes, Guayadeque y Temisas.
El Agüimes moderno se fundó en 1491, sobre un importante asentamiento aborigen, después de terminada la conquista castellana de Gran Canaria. Se creó como villa bajo señorío episcopal, por orden de los Reyes Católicos, y se otorgó a la Iglesia como compensación por su colaboración durante la conquista.