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El nombre actual de Alcalá de Guadaíra procede del nombre que le dieron los musulmanes tras la conquista, al-Qal'at ued-xira o Qal'at Yābir, «castillo del río Ira», por la importancia de su castillo. Alcalá es la forma castellana de al-qal'a, «el castillo», y Guadaíra viene del árabe wādi, «río», y del nombre del río Ira.
El primer nombre conocido de un asentamiento en las inmediaciones es Irippo, de origen tartésico. Su primer elemento, ir, puede identificarse con una raíz indoeuropea que ha adquirido con frecuencia el sentido de «río impetuoso» en muchos lugares, y de esa misma raíz puede derivar el nombre del río Ira, más tarde llamado Guadaíra. El segundo, ippo, es el término tartésico equivalente al latín oppidum o al celta briga, «ciudad», así que Irippo significaría «la ciudad del río».
Los griegos llamaron al pueblo Hienipa, que significa «agua subterránea», y los romanos lo convirtieron en Ordo Hinipense, de donde procede el gentilicio «hienipense», que aún se conserva.
En 2001, el ayuntamiento aprobó la normalización ortográfica de Guadaíra, con tilde, en lugar de Guadaira, amparándose en la pronunciación de los naturales de la comarca. El cambio tomó carácter oficial tras su publicación en el BOE el 23 de abril de 2003.