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El nombre de Alfajarín procede del árabe y significaría «alfareros», equivalente a Alfafar y Alfahar, por confusión de los fonemas de la j, la h y la f, que están presentes en otras localidades de tradición morisca de la antigua Corona de Aragón. También se traduciría como «los canteros», según M. J. Viguera. Con la misma raíz que «canteros» puede leerse Al-Ḥajarayn, «las dos peñas», porque el pueblo se asienta al pie de dos peñas: en una está el castillo y en la otra, inmediata, el santuario de la Virgen de la Peña, del siglo XVI, ambos con restos andalusíes. Parece probable que la advocación de la Virgen de la Peña sea la traducción literal del antiguo nombre árabe. Son varias lecturas posibles, y ninguna está establecida.
La construcción de la autopista Zaragoza-Barcelona en el término de Alfajarín sacó a la luz restos de una villa romana, que se destruyó; se recuperó la cabeza de una escultura de aire provinciano. Por su nombre, Alfajarín tendría origen árabe: según los antiguos cronistas, el fundador del pueblo fue un rey moro de Zaragoza llamado Ben Alfaje, que según Jerónimo Blancas gobernó en la segunda mitad del siglo IX. Lo más parecido a ese personaje es un gobernador de Zaragoza llamado Aven Alfagt, que bien podría ser el mismo. En el término se encuentran las pedanías de El Condado y Los Huertos.