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Algemesí tiene fundación islámica, como alquería, y su nombre procede del árabe al-jabbāzīn, que significa «los panaderos» o «los tahoneros», aunque su significado preciso sigue siendo objeto de debate.
En 2005 se propuso que derivaría del árabe alkhamisī, vinculado a khamīs, «jueves», y a un zoco, un «mercado del jueves», con paralelismos como Alarba, del árabe «miércoles», pero esa teoría se descartó por incongruencias fonéticas. Otras hipótesis, como la vinculación con la tribu Xemesa o el adjetivo al-xamsī, «soleado», tropiezan también con problemas fonéticos. Aunque el artículo árabe al- sugiere un origen andalusí, la etimología definitiva sigue siendo un enigma de la toponimia valenciana.
Las primeras referencias documentales aparecen en el Llibre del Repartiment del Regne de València, de 1244 a 1249, con la grafía medieval Aliemeçí, vinculada a una alquería del término de Alzira. Aunque se pobló con cristianos nuevos tras la conquista por el rey Jaime I, formó parte del municipio de Alzira hasta que en 1574 obtuvo la independencia, cuando Felipe II le concedió la segregación, tras pagar 8.000 ducados. Los naturales de Algemesí son «algemesinenses».