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Toma su nombre del Valdeallín o valle de Allín, uno de los valles tradicionales de Navarra y división administrativa hasta mediados del siglo XIX, formado por los actuales municipios de Allín y Metauten. En la Edad Media aparece como Aylin, Ayllin, Ayn, Alin y Allin. Parece compuesto por un nombre de pila, para el que Rohlfs propone Allius, y el sufijo de propiedad -ain, presente en Amátriain, Lizoáin, Orendáin o Zurucuáin, y guarda relación con Alli, Allo, Aloz, Alos y Allona. El nombre oficial fue siempre Allín y en 2009 se hizo bilingüe, Allín/Allin.
Las pechas del valle se dieron en 1368 a Beltrán Vélez de Guevara y cien años después pertenecían a la casa de Medrano, con participación poco después de la iglesia de Pamplona. En 1514 Fernando el Católico recordó que su padre, Juan II, las había donado al merino de Estella Juan de Eguía, que los reyes Juan III de Albret y Catalina de Foix las habían concedido a la iglesia de Pamplona y que las reclamaba ahora Nicolás de Eguía, y remitió la resolución a las Cortes.