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Según sus habitantes, el topónimo deriva de Almenas del Cid, en referencia a la estancia en su castillo de Rodrigo Díaz de Vivar mientras Jimena estaba en Orgaz. Sin embargo está relacionado con un asentamiento musulmán de carácter militar y religioso, un ribāṭ, en torno al cual habría surgido, antes o después, la población. El término Almonacid deriva del árabe al-munastir, que procede del latín monasterium, «casa o convento donde viven los monjes», más el artículo árabe al. El complemento de Toledo es reciente y se añadió para distinguirlo de otras poblaciones del mismo nombre.
Almonacid de Toledo pasó varias veces de unas manos a otras. En 1086 Alfonso VI dio esta villa a la Iglesia de Toledo, en 1132 Alfonso VII la donó al conde Ponce Giraldo de Cabrera, y en 1176 Alfonso VIII se la dio a la Orden de Calatrava. En la guerra de la Independencia fue famosa por la batalla de Almonacid, en la que el mariscal Sebastiani, reforzado por la llegada del rey José, consiguió que las tropas españolas se retiraran hacia el Guadiana. Murieron cerca de 4000 españoles y 2000 franceses, y el nombre de Almonacid aparece en el Arco de Triunfo de París.