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El nombre de Alzira deriva del árabe al-ŷazīra, que significa «la isla», por la situación de la población en una isla del río Júcar. Hasta mediados del siglo XII, el nombre completo en árabe era Ŷazīrat Šuqar, «la isla del Júcar», sin el artículo al-, porque el árabe lo omite en las expresiones de posesión o pertenencia.
A mediados del siglo XII se introdujo el artículo, y el nombre pasó a ser al-Ŷazīra Šuqar o, simplemente, al-Ŷazīra. Con la cristianización, el nombre pasó a ser Algezira, y en el siglo XVIII adoptó la forma Alzira. Posteriormente se castellanizó como Alcira, hasta que en 1980 se recuperó la forma valenciana como denominación oficial. En la documentación del archivo municipal aparecen también otras formas, como Aliasire, Algezire, Aliazire, Algesira y Aliazira.
Los orígenes de la ciudad no están claros. Para algunos es la sucesora de la Sucro ibérica, y otros buscan sus precedentes en las villas romanas de la zona.