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El origen del topónimo es desconocido y existen varias teorías. La primera lo hace venir del latín «aquae merae», «aguas puras», y la propone Manuel de Montoliu (1877-1961). Otra sostiene que procede de un nombre de persona latino, «Amarius», derivado de «Amarus». Una tercera dice que procede del río Amera, nombre con que se conocía antiguamente el río Brugent, que atraviesa el valle.
El territorio de Amer está poblado desde tiempos inmemoriales. En un principio la localidad tuvo un fuerte crecimiento, y en el siglo XII aparecen los primeros datos de su mercado semanal; un momento histórico destacado fue el terremoto de 1427. Las trazas más antiguas de poblamiento están en los riscos de Sant Roc, en el extremo noreste del municipio, donde en una cavidad conocida como la Balma de la Xemeneia se ha localizado un yacimiento del Paleolítico superior con restos de industria lítica y de fauna. Está al norte de la comarca de la Selva.