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El topónimo designa el valle y el río que forman la mitad oriental de la comarca de La Barranca y engloba el actual municipio y las localidades que se fueron separando del valle: Huarte-Araquil, Arruazu, Irañeta e Irurzun. Parece bastante evidente que deriva de la mansio Aracaeli, nombrada en el Itinerario de Antonino, una relación de escalas de la calzada romana de Astorga a Burdeos; los estudios arqueológicos del monasterio de Zamartze indican que la calzada pasaba por el valle. Siglos antes, Plinio mencionó a los aracelitani entre las comunidades de los vascones. Julio Caro Baroja aventuró que Aracaeli viniera de ara coeli, «altar del cielo», y lo relacionó con la vecina sierra de Aralar, que sería ara lar(re), «pastizal del altar», un topónimo híbrido vasco-latino; en un borde de Aralar se alza el santuario de San Miguel, antiguo lugar de culto que podría ser precristiano.
En las fuentes consultadas no hay datos sobre la fundación de Arakil.