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El nombre parece un doble diminutivo, con una morfología común en la toponimia leonesa (Matillina, Fresnellino, Campellino, Castrillino, Casillina). La repetición de sufijos puede ser meramente expresiva, o proceder de una diferenciación entre el lugar al que se refiere y otro no lejano. La proximidad entre Arquillinos y el desaparecido Arcello, y el origen común del topónimo, obligarían a la nueva sufijación diferenciadora, Arquill-inos, en la que se restaura la forma con -rk- en vez de *Arçellinos, porque para los pobladores medievales el significado de Arcello, «arquillo», era evidente.
Los vestigios romanos de los yacimientos de Las Torrecillas y El Torreón, y la necrópolis de Las Paredes, indican la antigüedad de los poblamientos de este territorio. La fundación de Arquillinos en su emplazamiento actual se debe a la repoblación que hicieron los reyes leoneses en la Edad Media. Pasó entonces a pertenecer como señorío al arzobispo de Santiago, que recibía los tres cuartos de sus diezmos granados. En 1588, por las necesidades económicas de Felipe II, se vendió, con autorización papal, a Francisco García de Villalpando. Está en la comarca de la Tierra del Pan.