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Existen diversas teorías sobre el origen del nombre de Ayamonte. Una, del Diccionario geográfico-histórico de la España antigua, plantea que podría provenir de Anapote o Anapotemon. Otra lo explica a través del vocablo prerromano Aya, de origen íbero, que significa «monte», «sitio elevado» o «colina», y que se fusionaría con el término latino montis, de donde Ayamonte.
Por otro lado, algunos autores sitúan el origen del nombre en la Edad Media, en el contexto de la conquista de la villa a los árabes por Sancho II de Portugal, en 1239: en la carta de cesión del castillo a la Orden de Santiago por parte del monarca portugués es la primera vez que se menciona el nombre Ayamonte.
En el siglo XVII, según escritos del erudito Rodrigo Caro, de 1634, el Itinerario de Antonino Pío, del siglo IV, comenzaba en este lugar un camino hacia Mérida, y lo nombraba como boca del Guadiana. La obra Atlante español, impresa en Madrid entre 1778 y 1795, dice que la villa de Ayamonte fue fundada por los fenicios, que la llamaron Tiro, y después Seria, y que en tiempos de los romanos se conoció como Fama Julia, pero esas afirmaciones no están documentadas con seguridad.