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Bacáicoa es el nombre histórico y sigue siendo el formal en castellano; fue el oficial hasta el 30 de enero de 1989, cuando se cambió por Bakaiku, su nombre en euskera, que es hoy el único oficial. Es considerado uno de los topónimos mayores más extraños de Navarra y su significado es desconocido; Julio Caro Baroja lo calificó de nombre rarísimo y pensó que podía relacionarse con un término gentilicio o latino, Vaccaeciona(m). Está documentado desde los siglos XIII y XIV como Bacayco (1257), Bacaycua (1268), Baçaiycu y Uacaycu (1350) y Bacaycua, Uacaycua y Vacaycua (1366).
Como todo el valle de la Burunda, el municipio está en un corredor natural y estratégico entre Álava, Navarra y Guipúzcoa, y su historia está muy ligada a la del valle. Uno de sus primeros reflejos históricos es la concesión en 1208, por Sancho VII el Fuerte, del Fuero de Laguardia a todo el valle. Tras la conquista de Vitoria y Guipúzcoa por las tropas castellanas, la zona pasó a ser fronteriza y quedó sometida al hostigamiento de las tropas guipuzcoanas, bajo las órdenes de Castilla.