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Se han propuesto varias teorías sobre el origen del nombre de Barakaldo, y hoy todas se consideran muy dudosas, aunque está claro que es un topónimo de origen vasco.
La más citada es la de Manuel Azcárraga, que lo hizo derivar de las palabras vascas baratz, «huerta», y alde, «zona», de manera que significaría «zona de huertas». El nombre Baratzalde habría ido cambiando de forma hasta llegar a la actual, pero esta teoría carece de base en la documentación histórica.
Otra teoría sostiene que la primera parte, Bara-, procede de ibarra, «vega», y que la segunda, -caldo, es una deformación de galdua, «perdido», con lo que significaría «la vega perdida». Carlos de la Plaza coincidía en que Bar- procedería de ibar, y -aldo de alde, pero añadía el término kai, «muelle», e interpretaba el nombre como «muelle de la zona de la vega». El escritor local Carlos Ibáñez rechaza esta interpretación, porque en la margen izquierda del Nervión, a la altura de Barakaldo, no habría muelles antes de la aparición del nombre.
Los indicios más antiguos de presencia humana en Barakaldo se encuentran en la cueva de los Mosquitos, en el barrio de El Regato, donde se hallaron restos del epipaleolítico, de hace unos 10.000 años.