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Barañáin pertenece a la serie de topónimos vasco-navarros acabados en -áin. Julio Caro Baroja explicaba la mayoría de ellos como un nombre de persona unido al sufijo latino -anum, que designaba la finca de un propietario. En el caso de Barañáin, Caro Baroja lo hacía derivar de Veranianum y apuntaba, como hipótesis, a Veraniano o Veriniano, un patricio de la Tarraconense de finales del siglo IV y comienzos del V emparentado con la familia imperial. El nombre se ha escrito Baraynin, Baranien y Baranyain antes de llegar a la forma actual, y la tradición local lo interpreta como «en el llano».
Hubo asentamientos humanos estables desde la prehistoria, como atestiguan las piezas de sílex halladas en su término. A finales del siglo IV se construyó una villa romana dedicada a la explotación agraria y de carácter autosuficiente. En la Edad Media las familias de Barañáin ocupaban el último escalón social, como simples moradores o colonos sin casa ni bienes propios y sin derecho a vecindad. La catedral de Pamplona y los Hospitalarios de San Juan de Jerusalén tuvieron heredades en su término desde el siglo XII.