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Hay dos teorías sobre el origen del nombre, como para la mayoría de pueblos acabados en -ain de la zona. La defendida por Julio Caro Baroja y Koldo Mitxelena lo hace derivar de un patronímico, aquí Beraxa, y del sufijo latino -anus, de modo que el original Beraxanus habría evolucionado hasta Barásoain. La segunda, menos extendida, lo deriva del vasco baratze, «huerta», y de un sufijo -oain derivado de gain, «encima», con el sentido de «mirador sobre la huerta». En castellano se escribe con o sin tilde según se pronuncie con tres o cuatro sílabas; la forma oficial del Gobierno de Navarra es Barásoain.
La zona ha estado poblada durante miles de años, como prueban los dólmenes de Artajona y las herramientas de sílex halladas en diversos puntos del término. La primera mención escrita de la localidad es del siglo XII. En 1590 una vecina fue acusada de brujería: acudían a ella desde los alrededores buscando remedio para curar animales y personas que se suponían hechizados, y aunque fue interrogada en varias ocasiones, no parece que sufriera consecuencias.