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No existe consenso entre los historiadores sobre el origen del nombre de Bilbao, y se han propuesto varias explicaciones, casi todas a partir del euskera.
El ingeniero Evaristo de Churruca lo explicó como la unión de palabras euskéricas que significarían «río» y «ensenada» (Bil-ibai-bao), siguiendo la costumbre vasca de nombrar un lugar por su ubicación. El historiador Javier Tusell lo hizo derivar de «bello vado». El escritor Esteban Calle Iturrino propuso que el nombre naciera de la unión de dos poblaciones situadas en ambas orillas de la ría: Billa, «pila» o «montón», y vaho, «vapor», en referencia a la tradición ferrera de Bilbao la Vieja. Humboldt y Tovar lo relacionaron con las raíces bil- o pil-, con el sentido de reunir o amontonar, mientras que Gorostiaga e Irigoien proponían bilbe o bilbatu como base.
En euskera, el nombre normativo, según Euskaltzaindia, es Bilbo, y es la forma que se usa al declinar (Bilboko, Bilbotik). El nombre oficial del municipio es Bilbao tanto en castellano como en euskera. Su apodo popular, Botxo, significa «agujero», por estar rodeada de montañas.
Bilbao nació como villa el 15 de junio de 1300, cuando Diego López de Haro V, señor de Vizcaya, firmó en Valladolid la carta puebla, confirmada por Fernando IV de Castilla en enero de 1301, para fundar una población en la orilla derecha de la ría, en terrenos de la anteiglesia de Begoña. En ese documento fundacional el nombre aparece escrito como Bilvao, y otros textos antiguos recogen formas como Biluao.
Fue una de las primeras villas surgidas del gran impulso fundacional de los señores de Vizcaya en el siglo XIV, que dio origen a la mayor parte de las villas vizcaínas. En 1310, María Díaz de Haro concedió una segunda carta puebla que amplió sus privilegios comerciales y la convirtió en paso obligado del comercio de Castilla hacia el mar.
Aunque la forma Bilbo está documentada en abundantes textos en euskera, Bilbao solo aparece una vez en esa lengua, en una recopilación de refranes de los siglos XVI y XVII, y la Real Academia de la Lengua Vasca duda de que se usara habitualmente en aquella época.