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Según el estudioso Benito Coll, el nombre primitivo de Binéfar pudiera proceder de un origen árabe-musulmán del municipio, cuyo máximo responsable sería Affa. De ahí que el pueblo de los súbditos o «hijos» de Affa, o tal vez de Effar, se llamara Ben-Affa, y que con los años mutara en Abinéfar, Avenáfar, Benáfar o Bináfar. Es una hipótesis de ese autor, no un hecho establecido.
Binéfar aparece mencionado documentalmente por primera vez en el siglo XI. En 1158 los templarios de Monzón otorgaron carta de población. En octubre de 1363 se firmó el tratado de Binéfar entre Pedro IV el Ceremonioso de Aragón y Enrique de Trastámara, ratificado en marzo de 1366 en Zaragoza. En el siglo XVI, a causa de la peste desatada en Monzón, fue sede de las Cortes de Aragón, presididas por Felipe II en 1585. Son figuras destacadas de ese siglo el bandolero Miguel Juan Barber y el mercader Cervera Roche, señor de Alfages. Es villa desde 1785 y pertenece a la comarca de La Litera.