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Los autores no se ponen de acuerdo todavía sobre el origen del nombre de Bormujos. Según García de Diego, podría proceder del latín Mormolium, mientras que es igualmente probable que provenga del nombre de una alquería musulmana, Boromuj. De esa época quedan vestigios como los hallados en la hacienda de Valencinilla del Hoyo. Antequera Luengo defiende su raíz árabe: Borg-muzn o Borg-muhur.
La primera referencia a la alquería de Bormujos la proporciona la documentación medieval cristiana, en 1253, con las formas Mormuios y Mormoios. El nombre no tuvo asiento hasta tiempos modernos, con variantes, de modo que aún a finales del siglo XVIII se la conocía también como Mormujos. Solo en dos años, 1787 y 1788, aparecen tres variantes: Mormujos, Borbujos y una mezcla de ambas, Bormujos, que prosperó como resultado de la disimilación de nasales.
El valle del Guadalquivir fue conquistado por Fernando III en el siglo XIII, y en el repartimiento firmado por su hijo Alfonso X aparece esta villa con el nombre de Mormojos o Mormujos. Se concedió el 15 de septiembre de 1253, junto con las alquerías de Mairena, Paterna, Alcaudín, Malharomata y Albarat, a doscientos caballeros hidalgos, por los buenos servicios prestados en la Reconquista.