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El origen del nombre de Coín no es una cuestión resuelta de manera definitiva. Bien podría derivarse de una reducción fonética progresiva de Castro Dzaquan, quizá de origen romance. Según otra teoría, del estudioso Virgilio Martínez Enamorado, existió en el siglo IX una familia bereber de Córdoba conocida con el nombre de Banū Dhakwān. Ambas teorías son verosímiles, aunque ninguna está certificada con seguridad.
Los especialistas descartan, en cambio, por inviables técnicamente, algunos nombres que ha recibido esta localidad en escritos antiguos, como Succubo, Lacibis, Alizcuán o Al-Cohine.
Los primeros asentamientos del término municipal son los que han estudiado los profesores Fernández, Márquez y Ferrer, entre otros, en los alrededores de los ríos Grande, Pereilas y Nacimiento, datados en épocas paleolíticas, neolíticas y de los metales. Destacan el cerro de Ardite, el cerro Carranque y el Llano de la Virgen, todos de la Edad del Cobre.