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Se ha dicho que Durango procede del euskera Urango, con la d' que se usaba en la Edad Media como «de», es decir, «valle de Urango», pero hoy la comunidad académica no considera válida esa etimología. Urango significaría «valle o dehesa acuosa», de ur, «agua», y ango, «valle», «llano» o «dehesa».
Julio Caro Baroja sugirió que el nombre podría derivarse del topónimo latino Duranicus, surgido a su vez del nombre de persona Duranius, que estaría detrás de otros nombres vascos como Durana. Originalmente, Duranicus habría hecho referencia a una posesión de Duranius, por ejemplo un ager Duranicus, y la evolución habría sido Duranicus, Duranigo y Durango. Alfonso Irigoien estima que el nombre es de formación altomedieval, época en la que estaba vigente como nombre de persona en la forma Duranco. Otros autores lo consideran una derivación de Urazango, y Justo Gárate propone que sea una forma evolucionada de Padurango.
En la Edad Media, el nombre Durango hacía referencia a toda una comarca, que fue una entidad política distinta de Vizcaya. A partir de 1212, Durango quedó integrada en Vizcaya como una de sus merindades, aunque mantuvo sus propias instituciones.
La villa, llamada Tabira de Durango y después Villanueva de Durango, no cuenta con carta puebla, como las otras villas vascas, pero los historiadores suelen situar su fundación a comienzos del siglo XIII, con una confirmación del fuero en 1372 por parte del infante don Juan. Tabira sería el nombre del núcleo primitivo y Durango el de la merindad, y hasta el siglo XVI se la nombraba como Villanueva de Durango.