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Estella es el nombre romance, del latín stella, «estrella», y Lizarra el nombre vasco, de lizar, «fresno», con el sufijo -ara, «lugar de», por la abundancia de este árbol en las márgenes del río Ega. Otras interpretaciones han leído irizar, «ciudad antigua», o elizar, «iglesia antigua», pero Jimeno Jurío considera más sólida la del fresno. Lizarra aparece desde 958 en la colección diplomática de Irache, con formas como Leizarrara, Lizarrara, Liçarra y Lizarra. El nombre Estella se documenta en 1072, cuando se cita a Lope Arnalt como «merino in Stella», y se explica como el resultado de l'izarra, de izarra, «estrella» en vasco, empleado por los pobladores francos de San Pedro de la Rúa, que lo habrían pasado al latín stella y de ahí al romance navarro Estella. Se aplicó primero a ese burgo franco y luego a los de San Miguel, San Salvador del Arenal y San Juan.
El núcleo de Lizarra ocupaba ya en el siglo X la ladera del Puy, frente a la frontera con el islam, y se cita por primera vez en 958. Del entorno se mencionan también Zarapuz y Ordoiz, hoy despoblados agregados al barrio de Noveleta, en la orilla derecha del Ega, donde a comienzos del siglo XI había sendos monasteriolos, uno dependiente de San Juan de la Peña y otro de Irache. El burgo de San Pedro de la Rúa fue promovido por el rey de Pamplona Sancho Ramírez como lugar de atención al peregrino del Camino de Santiago.