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El nombre de Estepona procede de Istippo y es de origen prerromano, concretamente tartesoturdetano. El sufijo -ippo está ampliamente documentado en la toponimia turdetana, en nombres como Acinippo, Baesippo u Ostippo, y la raíz ist- encuentra un paralelo en Isturgi.
La forma actual es el resultado de una larga evolución. En el siglo IV, los topónimos en -o se transformaron sistemáticamente en formas en -ona, y así Istippo pasó a Istippona. En época visigoda, las vocales breves latinas evolucionaron a e y o, y la consonante doble pp se simplificó, lo que dio una pronunciación cercana a la actual. El nombre se adaptó al árabe andalusí como Istibbuna, y el castellano mantuvo la pronunciación heredada.
Hay testimonios de la existencia de Salduba, un oppidum íbero con un puerto natural, hoy colmatado, en el entorno del río Guadalmansa. Salduba continuó poblada en época fenicia y romana. Además, se han producido hallazgos en el casco urbano que podrían corresponder a una importante villa romana, no solo de uso industrial, para salazones, sino también defensivo.