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Procede de la unión de las palabras vascas etxe, «casa», y barri o berri, «nueva». Hasta los años setenta del siglo XX la denominación oficial fue Echévarri, y desde el 13 de enero de 2005, cuando se publicó en el Boletín Oficial de Bizkaia, es oficial Etxebarri, tras la aprobación definitiva por las Juntas Generales el 30 de noviembre de 2004; hasta entonces era «Etxebarri, Doneztebeko Elizatea/Etxebarri, Anteiglesia de San Esteban». El cambio buscó simplificar un nombre largo que dificultaba el uso de los dos idiomas oficiales.
En el siglo XI dependía de Santa María de Ganguren, en Galdakao, hasta que en 1509 San Esteban de Echévarri se constituyó como anteiglesia independiente, separándose de Bilbao, pues Galdakao formaba entonces parte de Bilbao. Desde el siglo XIII el linaje dominante fue el de los Leguizamón, que ejercían su poder desde su casa-torre banderiza, uno de los escasos testimonios de su predominio en la zona.