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El nombre del municipio procede del de su capital municipal. En un primer momento se llamó Isora a toda esta zona, un término de procedencia guanche que algunos toman como nombre de persona de una princesa isleña y otros traducen como «malpaís», terreno volcánico cubierto de piedras sueltas. Tras el descubrimiento de una imagen de la Virgen de la Luz o de Guía en el siglo XVI, el lugar empezó a denominarse Guía, aunque algunos sostienen que este nombre procede de su antiguo significado como «lugar alto».
El municipio tomó oficialmente el nombre completo de Guía de Isora por real decreto del 27 de junio de 1916, para diferenciarlo de otros pueblos con el mismo nombre.
El territorio estaba habitado desde época guanche, y perteneció al reino o menceyato de Adeje. Tras la conquista de la isla por los europeos se estableció un primer núcleo de colonos procedentes de La Gomera en la zona de La Guerguera. El hallazgo de la Virgen de la Luz y la posterior construcción de una ermita en su honor aumentaron el desarrollo del poblado de Guía a lo largo del siglo XVI, y la ermita se elevó al rango de parroquia en 1605.