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El nombre de Honrubia proviene del latín fons rubia. Fons, «fuente», deriva de la existencia de una antigua fuente o manantial cerca del casco urbano, cuya situación se desconoce hoy. Rubia podría derivar de la abundancia de una planta llamada rubia, o de la fertilidad de las tierras que rodean al pueblo, por su localización entre los ríos Júcar y Rus. Es una explicación coherente, pero no se ha podido contrastar con documentos antiguos.
El origen de Honrubia es incierto, pero se cree que surgió durante la repoblación del alfoz de Alarcón, en un lugar de tierras fértiles, con manantiales y fuentes, y que era cruce de caminos, porque por allí pasaban una cañada real, el camino real de La Mancha hacia Cuenca y el bajo Aragón, el camino militar de Madrid a Valencia y una antigua calzada romana que iba de Minaya a Valeria. La primera edificación fue una posada en el antiguo camino de Cuenca, hoy la calle Cuenca, y alrededor de esa posada fue surgiendo la aldea.