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Viene del vasco ur arte, «entre aguas». En euskera moderno existen uharte y ugarte con ese mismo origen, que suelen significar «isla» y también «lugar entre dos ríos confluentes». El pueblo está rodeado por el río Arga por el este, el sur y el oeste, y poco después se une al Ulzama, por lo que la descripción encaja. El nombre se ha escrito Huarte, Huart, Hugarte, Huuart y Uugarte, a veces acompañado de «cabe Pamplona», «depres Vilaua» o «apres Bilaua» para distinguirlo de otras Huartes de Navarra. La forma Huarte se estandarizó en el siglo XIX, y Uharte, adaptación a la ortografía moderna del euskera, es cooficial desde 1995.
En 1223 el obispo de Pamplona, don Remiro, entregó el pueblo y su castillo al rey Sancho el Fuerte. En 1423 Carlos III de Navarra liberó a Huarte del pago de «ayudas y cuarteles» por haberle cedido un molino, llamado Valuerrota o Balberrota, que antes había pertenecido al obispo. Durante la guerra civil de Navarra, un documento de 1462 recoge la fidelidad al Príncipe de Viana de los habitantes del palacio de Ezpeleta, del que se conservan algunos restos.