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El nombre de Huelva procede del antiguo Onuba, que aparece como Ónoba en las fuentes griegas y como Onuba u Onuba Aestuaria en las latinas. El término viene de alguna de las lenguas prerromanas de la península y su significado es desconocido, aunque se detecta en él el sufijo -oba o -uba, que aparece también en otros topónimos como Ossonoba, Corduba o Salduba. El arqueólogo alemán Adolf Schulten documenta además la forma Olba, en su obra sobre Tartessos.
En el siglo XVII, Rodrigo Caro supuso que Onuba era la cercana Gibraleón y que en Huelva había estado una supuesta ciudad llamada Hibera, pero en 1775 Antonio Jacobo del Barco demostró que Huelva era la antigua Onuba. A la confusión contribuía la existencia de otra Onuba, en la zona de Córdoba, en el actual municipio de El Carpio.
En época árabe el nombre aparece en formas como Gaelbah o Umba, aunque la más documentada es Welba, idéntica a la forma castellana actual. Es el resultado de la evolución fonética del latín al romance: Onuba, Huénoba, Huéloba y Huelva. De Onuba procede también el gentilicio «onubense».