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El nombre de Isla Cristina se le dio el 12 de abril de 1834, por petición popular, en honor de la reina regente María Cristina de Borbón, por sus favores a la isla durante la epidemia de cólera de 1833 y 1834 que azotó grandes extensiones de Andalucía y Extremadura.
Anteriormente, su nombre era el de Real Isla de La Higuerita, con el que se creó la entidad en 1802, que gozaba de cierto grado de autogobierno, y el mismo que adoptó después el municipio con la formación de su ayuntamiento, en 1833. El nombre inicial, el que usaban sus primeros pobladores tras el primer asentamiento estable, hacia 1755, es La Higuerita, La Figarilla o La Figuereta, según la lengua de quien lo usara. La Higuerita procede del lugar donde se recogía agua en los primeros momentos del poblamiento, el conocido como pozo de la higuera, donde Faneca, el primer poblador, construyó su casa, cerca del pozo y de la higuera, que son hoy símbolos que recoge el escudo de la ciudad.
La fundación de Isla Cristina se remonta a la presencia de comerciantes levantinos de salazones que, a partir de 1715, empezaron a explotar la zona próxima a la desembocadura del río Guadiana.