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La primera parte, «Pobla», remite a una población nueva, levantada a partir de un repoblamiento mediante una carta puebla, que concedía una serie de privilegios a quienes repoblaran un territorio que interesaba repoblar por distintas causas (conquista, despoblación por guerra o enfermedades, etc.). La segunda parte, «Segur», que según Joan Coromines debería escribirse «Segú», procede, según él, del topónimo céltico «Segodunum», que se aplicó a toda la zona donde hoy está el término. Uno de los documentos más antiguos, de 976 o 978, documenta la «spelunca de Sequni». En español se escribe Puebla de Segur.
El poblamiento del término se remonta a les Esplugues de Segur, un asentamiento construido en una balma al pie de la Roca Foradada, un tipo de hábitat habitual en el Pallars altomedieval. La documentación de 976-978 lo cita como «Spelunca Sequni», cabeza de un amplio término llamado Segur y vinculado al pastoreo y al cultivo de la viña. Hacia el siglo XI las fuentes mencionan un nuevo núcleo de carácter feudal en el Pui de Segur, en torno a la iglesia románica de San Miguel; ambos asentamientos convivieron un tiempo, pero Segur acabó imponiéndose, y allí hubo escribanía y notarios públicos. Está en la comarca del Pallars Jussà.