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El nombre de La Zubia deriva del árabe az-zāwiya, «la ermita» o «el lugar de retiro», el mismo origen que otros nombres españoles como Adsubia, en Alicante, o La Azohía, en Murcia. Otros filólogos consideran erróneo relacionarlo con zāwiya y lo asocian con zubia, del árabe hispánico zúbya, que significa «lugar donde fluye el agua» o «corriente de agua en un arenal», lo que describiría las características del emplazamiento del pueblo. También se puede suponer un origen íbero, y zubia significa «el puente» en vasco.
Los restos hallados en las cuevas de La Zubia, la del Moro, la de la Higuerilla y la de la Paloma, indican que los primeros asentamientos que se reconocen en la zona son megalíticos. También se descubrieron los restos de una villa romana del siglo I, con una zona señorial de habitaciones soladas con teselas y otra rústica con almazara, molino y horno, al hacer la cimentación de una nave en el polígono industrial de El Laurel.