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El nombre de Lepe procede del que recibió durante la dominación árabe, Labb, del que deriva su denominación actual. Basándose en textos clásicos, diversos autores han identificado la actual localización de Lepe con asentamientos romanos denominados Laipe Megala (Rodrigo Caro, 1634), Laepa (García y Bellido, 1947) y Praesidium (Luzón, 1975). De todas esas opciones, Laepa es la que cobra mayor respaldo entre los historiadores, aunque como una pequeña villa rústica más que como un pueblo propiamente dicho.
Es tras la segunda oleada de conquistas árabes cuando Lepe se convierte en el centro económico de la zona, y pasa de ser una pequeña alquería a una «ciudad al lado del mar Océano», como la describe el geógrafo oriental Yaqut al-Hamawi en el año 1229.
Aunque se han encontrado yacimientos del Neolítico y de la Edad del Bronce, no se han hallado indicios de asentamientos estables en el término municipal. Durante la dominación romana inicial surgieron villas rústicas en la actual localización de Lepe y factorías pesqueras en Valsequillo y El Terrón.