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El historiador Francisco Javier Simonet registra la forma Lauxa o Lawša, de los autores árabes, y la relaciona con el Laus e Ilipula Laus de Plinio. El filólogo Joan Coromines hace derivar la voz Losa del vocablo prerromano lauxa, «losa» o «pizarra», de origen incierto, que se extiende por toda la península ibérica, el sur y sureste de Francia y el Piamonte. Ramón Menéndez Pidal recuerda que en Valencia, Toledo y Granada se decía lauxa entre los mozárabes, como en gallegoportugués lousa, frente al castellano losa.
La existencia de canteras de losas en la sierra de Loja, cerca de la población, explotadas posiblemente desde antiguo, explicaría el nombre de la ciudad.
Parece seguro que el nombre actual deriva del que tuvo durante la dominación musulmana, cuando la ciudad tomó su dimensión urbana actual y alcanzó gran importancia, hasta el punto de ser cuna del poeta Ibn al-Jatib. Algunas fuentes indican que en época romana se llamaba Tricolia, por estar sobre tres colinas.
Los vestigios más antiguos del hombre prehistórico en Loja se remontan al Paleolítico inferior, hace unos 150.000 años. Fray Juan Seco contaba que Túbal, nieto de Noé, fundó la ciudad en el año 2163 a. C. y la bautizó Alfeia, pero la realidad arqueológica sitúa la primera ocupación del lugar hacia el siglo XI a. C.