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Existen varias teorías para explicar el nombre de Mislata. La primera y más extendida es que procede del árabe manzil Aṭā, «posada» o «parador de Atá», lo que sugiere su función de lugar de cobijo en un camino importante hacia el interior valenciano. Expertos como Joan Fuster o Joan Coromines, en su Onomasticon, han puesto en duda ese origen.
Por eso son cada vez más los especialistas, incluidos Fuster y Coromines, que afirman que procedería del latín tardío misculata, «mezclada», derivado de miscere, «mezclar», en referencia a la mezcla de las aguas del río Turia y de las acequias que se usaban para el riego de las huertas, ya existentes en época romana. Así podría relacionarse con otros nombres, como el de la antigua acequia de Mestalla.
Se han encontrado en el término algunos hallazgos aislados de ocupación humana durante la época romana, como monedas de época de Augusto y de Adriano. En esa época ya se regarían los cultivos con las aguas de la primitiva acequia de Favara, todavía en uso. El origen del municipio se remonta al tiempo de la dominación musulmana.