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Moraleja es un diminutivo de Moral, nombre de árbol en singular y femenino que responde a un modelo tradicional del área leonesa. Los topónimos Moral, Moraleja o Moralina son frecuentes en Zamora, y su origen estaría en la morera negra (Morus nigra, del latín mōrus), que en gran parte del dominio leonés aún se llama moral. En la mayoría de los casos el diminutivo no alude a un moral pequeño, sino a una población llamada Moral que es de menor rango que otra del mismo nombre. Se ha propuesto también, frente a esta teoría, que el nombre se refiera en origen a personas procedentes de África, por el latín maurus, «mauritano», del griego «oscuro».
«Del Vino» es la precisión geográfica que lo distingue de otros pueblos del mismo nombre, como Moraleja de Sayago, también en Zamora.
En la Edad Media la localidad quedó integrada en el Reino de León y fue repoblada. En la Edad Moderna formó parte del Partido del Vino de la provincia de Zamora, como reflejaba en 1773 Tomás López en su mapa. Al crearse las provincias actuales en 1833 se mantuvo en la de Zamora, y en 1834 se integró en el partido judicial de Zamora. A mediados del siglo XIX tenía 929 habitantes.