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El origen del nombre de Morón se remonta a la Antigüedad tardía, cuando los hispanorromanos la llamaron Maurorum, que significaba «de los moros», por considerar que sus pobladores procedían del norte de África. Durante la era andalusí, la forma latina evolucionó a Maurūr, y luego se castellanizó como Morón. Esta es la teoría comúnmente aceptada, frente a quienes defendieron que el nombre, igual que Moreda, en Asturias, o Moral, en Salamanca, procedería de una supuesta palabra prerromana, morr, que significaría «montículo rocoso» o «peñasco», por la presencia de roca en los alrededores.
La locución «de la Frontera» alude a la frontera granadina: desde la conquista cristiana de Morón en el año 1240 por Fernando III hasta la caída del reino nazarí de Granada, a finales del siglo XV, la ciudad fue un emplazamiento fronterizo.
Se han encontrado en el municipio dólmenes, como El Acebuche, el dolmen de la Párraga, El Hoyo del Gigante y Cardachapines. Sin embargo, los vestigios más antiguos de poblamiento humano de la zona datan del Calcolítico, y del período prehistórico han aparecido múltiples objetos, como cerámicas, platos, cazuelas, herramientas de sílex y puntas de flecha.