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El origen del nombre de Murcia no está del todo claro. Historiadores y lingüistas sostienen distintas hipótesis, que se agrupan en torno a dos orígenes, el árabe y el latino, hasta el punto de que Menéndez Pidal llegó a decir que el topónimo era «azote de filólogos».
La explicación hoy más aceptada es de origen latino. Murcia derivaría de Myrtea o Murtea, que significaría «lugar de mirtos» (los mirtos también se llaman arrayanes), una alusión a los humedales y a la vegetación que crecía junto al río Segura. Otra forma propuesta es Murtia. En apoyo de esta idea se cita que los romanos conocían el nombre Murcia, el de una antigua divinidad relacionada con el mirto, aunque la evolución de la palabra que propuso en 1621 el historiador Francisco Cascales hoy está descartada.
Según esto, el nombre árabe Mursiya, la primera forma documentada, no sería más que la adaptación al árabe de un nombre latino que ya existía.
La tradición sitúa la fundación de la ciudad el 25 de junio del año 825, por orden del emir de al-Ándalus Abderramán II, para reforzar su poder en la cora de Tudmir. Sin embargo, historiadores y filólogos defienden que ese año se estableció la capitalidad de la cora en un núcleo de población que ya existía y que tenía una importancia secundaria.
Abderramán II quiso llamar Tudmir a la nueva ciudad, pero acabó imponiéndose un nombre anterior, Mursiya. Esto sugiere que había en la zona un pequeño asentamiento, quizá una villa romana llamada Murtia, del que el nuevo núcleo tomó el nombre, y que se arabizó como Mursiya.
La arqueología confirma que en el valle del Segura hubo un amplio conjunto de villas romanas que aprovechaban la fertilidad de las terrazas del río.