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El significado del nombre es desconocido. Luis Michelena lo relaciona con otros topónimos navarros acabados en «en», como Labayen, Ituren, Yaben o Locen, aunque duda de que «en» sea el genitivo vasco. Ramón Menéndez Pidal lo relaciona con el nombre de persona Orcuius, al que se añadiría el sufijo «en». Popularmente se ha traducido como «abedules», «pastizal» o «vertiente cimera». Se escribió Orcheia u Orcheian entre 1097 y 1109, Orcheien u Orcheyen entre 1099 y 1153, Orqueienco en 1226, Orquoyen en 1244 y Orcoyen en 1366. Fue Orcoyen oficialmente hasta que la Real Academia de la Lengua Vasca fijó Orkoien en 2005, tras un largo trámite con el Gobierno de Navarra.
La primera noticia es de principios del siglo XIII, una donación de la señora de Orcoyen al monasterio de Leyre. En la Edad Media fue señorío realengo y en 1280 pagaba una pecha anual de 23 cahíces y medio de trigo, 20 de cebada y 30 de avena. En 1356 el infante Luis asignó esas rentas al obispo de Pamplona, en 1413 Carlos III las dio a su hijo Godofré, y en 1472 pasaron a Gracián de Agramont y después al condestable Luis de Beaumont, conde de Lerín.