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El nombre de la villa procede de la palabra pedrón, un derivado gallego de «piedra». El pedrón es un altar de origen romano dedicado al dios Neptuno que hasta el siglo XV estuvo en la margen izquierda del río Sar y que hoy está en el interior de la iglesia parroquial de Santiago de Padrón; en la Edad Media se reinterpretó como la piedra donde quedó amarrada la barca que traía el cuerpo del apóstol Santiago. De él toma nombre la villa y el municipio. En gallego se explica a partir del latín Petronem.
Hasta la llegada del ejército romano, hacia el 26 a. C., apenas se tiene constancia de restos de los nativos galaicos en la villa. Por los estudios arqueológicos de la comarca del Sar se sabe que estos pueblos estuvieron presentes: por ejemplo, las mámoas de Paradegua y los petroglifos de Bouza Abadín, en el vecino Dodro, el castro de Picadizo, en Rois, o el castro Valente, en la parroquia de Herbón, en Padrón.