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Según Joan Coromines, el nombre de Paiporta no tiene origen árabe, porque tiene dos p, un sonido que no existe en árabe, y tampoco es de origen valenciano. La teoría más extendida es que se trata de un mozarabismo, de origen latino: prope hortam, «cerca de la huerta», porque Paiporta no está todavía en la huerta propiamente dicha, sino que entra en ella por el barranco de Torrent abajo.
La evolución fonética habría sido propiórta, proiporta y finalmente Paiporta: al acentuarse la arabización del país, la primera r desapareció, porque los arabohablantes no podían pronunciar un grupo inicial de consonante más líquida, y como el árabe no admitía el diptongo oi, solo ai, se produjo el cambio de Poip- a Paip-.
El nombre primitivo de Paiporta era San Jorge, lo cual, unido a que era lugar de cristianos viejos, hace suponer que su fundación tuvo lugar durante o poco después de la conquista de Valencia por el rey Jaime I. Con el nombre de la localidad se ha hecho un juego de palabras: «de pa i porta» designa en el País Valenciano una comida tradicional en la que cada uno lleva el bocadillo de casa.