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El nombre de Pamplona deriva del latín Pompelon, que difundieron autores clásicos de la Antigua Roma. La referencia más antigua que se conoce es del geógrafo griego Estrabón, que describe Pompelon como la ciudad más importante del pueblo de los vascones y la llama también Pompeios polis, «ciudad de Pompeyo», en alusión al general romano Cneo Pompeyo Magno. Esta es la versión más comúnmente aceptada sobre su significado.
El nombre tradicional en euskera es Iruña. Se relaciona con una raíz que significa «ciudad», la misma que aparece en las formas uri, iri o ili. La Real Academia de la Lengua Vasca prefiere la forma Iruñea, más reciente.
En las obras antiguas y medievales, el nombre de Pamplona se ha escrito de formas muy diversas, como Pampejopolis, Pampelo, Pampilona, Pampalona, Pampeluna o Pompelo. En euskera, el nombre aparece también con numerosas variantes, como Erunga, Ironía, Irunia, Irunpa o Yruynna.
La forma Iruña está documentada desde el siglo X, y por ello se le reconoce el carácter de denominación oficial de Pamplona en esa lengua. Hoy el nombre oficial de la ciudad reúne las dos formas, Pamplona/Iruña.