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Peralta es un nombre romance que viene de petra alta, «piedra alta». Aparece en documentos antiguos como Pera alta y Peralta (1036-1048, siglo XIII), Peralta (1257, 1268, 1280, 1330, 1350, 1366, 1591). Azkoien, el nombre en euskera, es una traducción literal: aitz, «piedra», y goien, «alta»; Julio Altadill lo vincula con el topónimo medieval Aezkoyen, en Abárzuza. La Real Academia de la Lengua Vasca lo propuso como nombre vasco de la localidad y desde 2009 el nombre oficial es Peralta en castellano y Azkoien en euskera.
En 1144 el rey García Ramírez el Restaurador otorgó a la villa el Fuero de Jaca, como recompensa a su fidelidad durante una ofensiva de Alfonso VII de Castilla; el fuero convertía en francos e ingenuos a los infanzones y villanos de Peralta. En 1378, durante la guerra con Castilla, los peralteses resistieron un asedio y salieron a reconquistar la plaza de Funes, en poder del enemigo, y Carlos II de Navarra los recompensó autorizándoles a compartir los yerbazgos de los términos de Funes y Villanueva.