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Perdiguera se compone de Perdi-, que deriva de «perdiz», y del sufijo aragonés -era, que indica un conjunto de algo en cantidad en un lugar o territorio; el nombre haría referencia a la abundancia de perdices. Según Bienvenido Mascaray, el sufijo -era podría derivar de dialectos altoaragoneses y estos, a su vez, del sufijo -ena o -enna, que vendría de una voz ibérica prerromana conectada con el euskera y con el mismo sentido de abundancia. Dentro de los topónimos de Los Monegros, el sufijo -era o -ena aparece de forma habitual, como en Leciñena o Sariñena.
No se conoce con certeza el origen de esta población, aunque en su término se han hallado restos de época romana. Hay pruebas documentadas de su existencia en la Edad Media: en el Fuego de 1495, Perdiguera aparece como un barrio de Zaragoza. Un documento fechado el 2 de enero de 1588 recoge las visitas que hizo el comisionado de los Jurados de Zaragoza a los pueblos o barrios cuya seguridad dependía directamente de la capital. Pertenece a la comarca de Los Monegros.