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El origen del nombre de Portugalete es desconocido y es un asunto discutido entre los especialistas. En una carta de 1803, Juan Antonio Mogel escribió que los nombres de Portugal y de Portugalete tenían el mismo origen, el latín Portus Galorum, «puerto de los celtas», pero después abandonó esa teoría, porque ni Portugalete ni Portugal habían tenido nunca tal carácter.
Después propuso otra: la unión de las palabras vascas portu, «puerto», y ugalete, que significaría «el rincón donde se detiene el agua». Otros sostienen que es la unión de portu y ugaldeta, que significaría «las orillas del puerto».
La villa se fundó en 1322 por María Díaz de Haro, «la Buena», sobre una puebla documentada ya siglos antes, integrada en Las Encartaciones y habitada por gentes de mar, asentadas al abrigo de su puerto natural.
El gentilicio de sus habitantes es «portugalujo», y popularmente también «jarrillero», porque en los siglos XIX y XX Portugalete tenía numerosas tabernas donde se tomaba chacolí en unas jarras pequeñas.