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El nombre de Pozorrubio aparece durante la Reconquista, cuando la Orden de Santiago creó la encomienda de Pozo Rubio, en torno a un antiguo pozo-noria de origen árabe, situado en un terreno de color rojizo, por la cantidad de agua subterránea. Rubio, en el sentido de rojizo, procede del latín rubeum. En la mayoría de los documentos históricos aparece como Pozo Rubio, y en algún documento del siglo XIX o principios del XX, como Pozorrubio; hoy suele escribirse así, pero es igualmente válido escribirlo de las dos formas. De Santiago viene ligado a la pertenencia de Pozorrubio a la Orden de Santiago.
El origen del Pozorrubio de Santiago actual está en la creación por la Orden de Santiago, en el siglo XIII, de la encomienda de Pozorrubio, aunque hay vestigios de que el territorio ha visto la presencia de los distintos pueblos de la península ibérica. En el siglo III a. C. hubo un antiguo poblado íbero en el entorno del llamado Pozo de la Celadilla, una especie de altozano, ideal para la defensa.